COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-14 17:00:00 8.223659 8.223659 8.953198
2021-05-13 17:00:00 8.423805 8.423805 9.093903
2021-05-12 17:00:00 8.372252 8.372252 9.168188
2021-05-11 17:00:00 7.881539 7.881539 9.255172
2021-05-10 17:00:00 11.057420 11.057420 9.473821
2021-05-09 17:00:00 9.658932 9.658932 9.776539
2021-05-08 17:00:00 9.294424 9.294424 9.972354

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-14 17:00:00 10.191083 10.191083 7.393967
2021-05-13 17:00:00 6.696764 6.696764 7.622924
2021-05-12 17:00:00 9.746589 9.746589 7.809394
2021-05-11 17:00:00 5.256154 5.256154 7.764017
2021-05-10 17:00:00 17.821782 3.550296 7.551931
2021-05-09 17:00:00 7.997794 7.997794 7.624023
2021-05-08 17:00:00 4.711752 4.711752 7.793418

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-14 17:00:00 17.812500 17.812500 16.662684
2021-05-13 17:00:00 16.485507 14.467409 17.004678
2021-05-12 17:00:00 19.212598 19.212598 17.648253
2021-05-11 17:00:00 12.965964 12.965964 17.590508
2021-05-10 17:00:00 11.428571 17.415730 17.109034
2021-05-09 17:00:00 17.457627 17.457627 16.822347
2021-05-08 17:00:00 16.093535 16.093535 17.240127

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-14 17:00:00 8.408109 8.408109 9.669553
2021-05-13 17:00:00 10.199626 10.199626 9.723495
2021-05-12 17:00:00 10.248902 10.248902 9.636711
2021-05-11 17:00:00 8.652793 8.652793 9.668820
2021-05-10 17:00:00 10.325753 9.896977 9.546489
2021-05-09 17:00:00 10.239580 10.239580 9.483531
2021-05-08 17:00:00 11.637631 11.637631 9.478392

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-14 17:00:00 8.909786 8.909786 7.971581
2021-05-13 17:00:00 7.730343 7.730343 8.040442
2021-05-12 17:00:00 7.444349 7.444349 8.061704
2021-05-11 17:00:00 9.197976 9.197976 8.163216
2021-05-10 17:00:00 16.365845 6.393654 8.114849
2021-05-09 17:00:00 8.092144 8.092144 8.271801
2021-05-08 17:00:00 7.589980 7.589980 8.434791

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-14 17:00:00 8.820234 18.911962 20.783241
2021-05-13 17:00:00 24.273370 24.273370 20.433254
2021-05-12 17:00:00 17.330609 17.330609 19.884663
2021-05-11 17:00:00 18.088060 18.088060 19.597834
2021-05-10 17:00:00 23.585378 23.585378 19.777783
2021-05-09 17:00:00 22.491349 22.491349 20.262368
2021-05-08 17:00:00 22.107125 22.107125 20.319760

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-14 17:00:00 2.810304 2.810304 4.062148
2021-05-13 17:00:00 5.058169 5.058169 4.129077
2021-05-12 17:00:00 4.120879 4.120879 4.072582
2021-05-11 17:00:00 4.464286 4.464286 4.255446
2021-05-10 17:00:00 6.859206 2.361715 4.357661
2021-05-09 17:00:00 4.551539 4.551539 4.389362
2021-05-08 17:00:00 4.497751 4.497751 4.608387

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-14 17:00:00 4.523321 4.523321 4.613273
2021-05-13 17:00:00 4.183726 4.183726 4.692694
2021-05-12 17:00:00 4.152726 4.152726 4.706107
2021-05-11 17:00:00 4.130081 4.130081 4.739033
2021-05-10 17:00:00 9.832273 4.353393 4.804623
2021-05-09 17:00:00 5.181483 5.181483 4.867499
2021-05-08 17:00:00 5.396208 5.396208 4.941284

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-14 17:00:00 6.715328 6.715328 6.819110
2021-05-13 17:00:00 5.229650 5.229650 6.954924
2021-05-12 17:00:00 7.218576 7.218576 7.097356
2021-05-11 17:00:00 6.441872 6.441872 7.234445
2021-05-10 17:00:00 6.082949 6.952004 7.274909
2021-05-09 17:00:00 7.132802 7.132802 7.516903
2021-05-08 17:00:00 9.257562 9.257562 7.709924

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-14 17:00:00 7.755566 7.755566 8.003746
2021-05-13 17:00:00 8.563892 8.563892 8.298626
2021-05-12 17:00:00 7.611665 7.611665 8.444576
2021-05-11 17:00:00 6.343584 5.006671 8.579006
2021-05-10 17:00:00 7.593123 8.730779 8.465731
2021-05-09 17:00:00 8.908895 8.908895 8.597022
2021-05-08 17:00:00 8.807339 8.807339 8.759879

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-14 17:00:00 10.003970 10.003970 10.014845
2021-05-13 17:00:00 8.720060 8.720060 10.161606
2021-05-12 17:00:00 8.839354 8.839354 10.277068
2021-05-11 17:00:00 6.687334 11.071745 10.315605
2021-05-10 17:00:00 10.654206 9.733978 10.404841
2021-05-09 17:00:00 12.007685 12.007685 10.495423
2021-05-08 17:00:00 9.577677 9.577677 10.472074

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-14 17:00:00 2.483444 2.483444 3.039348
2021-05-13 17:00:00 2.977667 2.977667 3.036919
2021-05-12 17:00:00 2.661208 4.676259 3.212057
2021-05-11 17:00:00 1.336898 1.336898 3.183934
2021-05-10 17:00:00 1.459854 0.407332 3.319795
2021-05-09 17:00:00 2.731411 2.731411 3.490520
2021-05-08 17:00:00 5.708661 5.708661 3.663515

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-14 17:00:00 9.878214 9.878214 8.303650
2021-05-13 17:00:00 5.380795 5.380795 8.334396
2021-05-12 17:00:00 38.297872 8.363636 8.479010
2021-05-11 17:00:00 5.638298 5.638298 8.312003
2021-05-10 17:00:00 1.568627 27.058824 8.562928
2021-05-09 17:00:00 13.879599 13.879599 8.566371
2021-05-08 17:00:00 6.672598 6.672598 8.466039

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-14 17:00:00 5.889145 5.889145 7.493872
2021-05-13 17:00:00 6.105991 6.105991 7.533817
2021-05-12 17:00:00 7.497360 7.497360 7.797465
2021-05-11 17:00:00 8.764940 8.764940 8.276577
2021-05-10 17:00:00 9.677419 6.925373 8.390174
2021-05-09 17:00:00 10.307414 10.307414 8.691193
2021-05-08 17:00:00 7.292954 7.292954 9.180665

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-14 17:00:00 10.369467 10.369467 10.072303
2021-05-13 17:00:00 10.736010 10.736010 10.229711
2021-05-12 17:00:00 12.717713 12.717713 10.473005
2021-05-11 17:00:00 8.982849 8.982849 10.513188
2021-05-10 17:00:00 11.902305 5.484664 10.350777
2021-05-09 17:00:00 13.665743 9.727243 10.392590
2021-05-08 17:00:00 9.951557 9.951557 10.472497

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-14 17:00:00 25.886991 25.886991 25.688599
2021-05-13 17:00:00 27.077224 27.077224 26.024287
2021-05-12 17:00:00 20.283641 20.283641 26.957724
2021-05-11 17:00:00 20.387481 20.387481 27.354199
2021-05-10 17:00:00 23.568702 23.568702 28.138535
2021-05-09 17:00:00 42.194644 42.194644 28.397640
2021-05-08 17:00:00 37.653846 37.653846 29.283562

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-14 17:00:00 4.114713 4.114713 3.922301
2021-05-13 17:00:00 2.617230 2.617230 4.001473
2021-05-12 17:00:00 4.221636 4.221636 4.161827
2021-05-11 17:00:00 3.896714 3.896714 4.238540
2021-05-10 17:00:00 3.125000 3.125000 4.191020
2021-05-09 17:00:00 2.930005 2.930005 4.230388
2021-05-08 17:00:00 5.221675 5.221675 4.321695

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-14 17:00:00 7.832149 7.832149 8.705138
2021-05-13 17:00:00 7.949901 7.949901 9.100891
2021-05-12 17:00:00 7.983691 7.983691 9.146309
2021-05-11 17:00:00 8.352018 11.252360 9.298342
2021-05-10 17:00:00 8.243527 8.243527 9.467736
2021-05-09 17:00:00 8.840372 8.840372 9.547293
2021-05-08 17:00:00 9.831331 9.831331 9.695932

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-14 17:00:00 6.683512 6.683512 7.043771
2021-05-13 17:00:00 7.654321 7.654321 7.221030
2021-05-12 17:00:00 6.667565 6.667565 7.366749
2021-05-11 17:00:00 5.254116 5.254116 7.422106
2021-05-10 17:00:00 11.646489 6.271595 7.461820
2021-05-09 17:00:00 9.648173 9.648173 7.678109
2021-05-08 17:00:00 7.319186 7.319186 7.823856

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-14 17:00:00 10.719530 10.719530 12.949843
2021-05-13 17:00:00 17.752235 17.752235 12.960398
2021-05-12 17:00:00 8.297414 8.297414 13.028838
2021-05-11 17:00:00 13.571429 13.571429 12.930652
2021-05-10 17:00:00 13.740458 12.555768 12.895762
2021-05-09 17:00:00 17.880795 17.880795 12.849807
2021-05-08 17:00:00 12.064677 12.064677 12.594608

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-14 17:00:00 24.157303 24.157303 16.217173
2021-05-13 17:00:00 19.078947 19.078947 16.487080
2021-05-12 17:00:00 14.743590 14.743590 16.101422
2021-05-11 17:00:00 9.871245 9.871245 15.687893
2021-05-10 17:00:00 35.849057 35.849057 15.483022
2021-05-09 17:00:00 3.652968 3.652968 15.515434
2021-05-08 17:00:00 16.528926 16.528926 16.123277

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-14 17:00:00 15.039841 15.039841 12.954902
2021-05-13 17:00:00 10.813309 10.813309 13.358248
2021-05-12 17:00:00 13.288410 13.288410 13.718516
2021-05-11 17:00:00 13.318429 13.318429 14.185814
2021-05-10 17:00:00 10.497238 10.497238 14.162167
2021-05-09 17:00:00 15.594295 15.594295 14.290620
2021-05-08 17:00:00 13.765701 13.765701 14.720862

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 10.191083 10.191083 7.393967
Basilicata 17.812500 17.812500 16.662684
Calabria 8.408109 8.408109 9.669553
Campania 8.909786 8.909786 7.971581
Emilia-Romagna 8.820234 18.911962 20.783241
Friuli Venezia Giulia 2.810304 2.810304 4.062148
Lazio 4.523321 4.523321 4.613273
Liguria 6.715328 6.715328 6.819110
Lombardia 7.755566 7.755566 8.003746
Marche 10.003970 10.003970 10.014845
Molise 2.483444 2.483444 3.039348
P.A. Bolzano 9.878214 9.878214 8.303650
P.A. Trento 5.889145 5.889145 7.493872
Piemonte 10.369467 10.369467 10.072303
Puglia 25.886991 25.886991 25.688599
Sardegna 4.114713 4.114713 3.922301
Sicilia 7.832149 7.832149 8.705138
Toscana 6.683512 6.683512 7.043771
Umbria 10.719530 10.719530 12.949843
Valle d'Aosta 24.157303 24.157303 16.217173
Veneto 15.039841 15.039841 12.954902

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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